Chociaż instalacje odpowietrzenia, demineralizacji i chłodzenia wody zostały zbudowane, to jednak okazały się one zbędne. Woda była jedynie filtrowana przed wejściem do reaktora, a po wyjściu z niego przetrzymywana krótko w basenie retencyjnym (o pojemności ponad 45 tyś. m3) aż do zmniejszenia się jej promieniotwórczości na tyle, by można było ją wpuścić z powrotem do rzeki. Uruchomienie reaktora nadzorował sam Fer-mi. Nie obyło się oczywiście bez kłopotów. Reaktor, osiągnąwszy moc termiczną 100 MW, zaczął po godzinie samoczynnie zmniejszać swoją moc, by w końcu wyłączyć się całkowicie. Uruchomiono go ponownie następnego dnia, lecz i wtedy po dwunastu godzinach również się wyłączył. Powodem było nieznane jeszcze wówczas zjawisko zatrucia reaktora wytwarzającym się ksenonem Xe-135 (powstaje wskutek rozpadu jodu 1-135 będącego produktem rozszczepienia), który ma bardzo duży przekrój czynny na pochłanianie neutronów termicznych, 150 razy większy niż kadm. Rozwiązaniem tego problemu okazało się zwiększenie ilości paliwa. Na szczęście reaktory w Hanford były za sprawą Wheelera przewymiarowane w stosunku do ich pierwotnego projektu zespołu Wignera, więc można było zwiększyć ilość elementów paliwowych z 1500 do 2004.
